La cosecha del amaranto, es una de las actividades más laboriosas del cultivo, dado el pequeño tamaño del grano, la condición en que se realiza depende de factores como el tamaño de la parcela que se cultiva y la disponibilidad de maquinaria adaptada para este fin, así pues, es posible realizar esta actividad de manera manual, semi-mecanizada, con el apoyo de trilladoras y sopladoras estacionarias, o mecanizada con el apoyo de cosechadoras combinadas, estas últimas pueden abastecerse de manera manual o realizar la cosecha con las plantas de pie.

 En general el proceso de cosecha, podemos dividirlo en varios pasos hasta la obtención del grano, como se describen en los siguientes apartados.

1. Punto de Corte

Este punto, varía de acuerdo a ciertas condiciones, por ejemplo, al ciclo de vida del material genético empleado, del clima, la altura sobre el nivel del mar, la densidad de plantas, la temporada de siembra, entre otros. Pero se pueden seguir estas indicaciones para saber cuándo cortar:

• La planta se empieza a secar o ponerse amarillenta.
• La espiga cambia de color (las panojas rojas a café y las panojas verdes a amarillas).
• Al frotar la espiga con las manos, las semillas se separan de la panoja y al sacudir la planta algunas semillas caen al suelo.
• Las semillas se ven como el “ojo de una gallina”, el circulo interior es transparente o cristalino y el exterior forma una areola de color blanco.
• Al morder la semilla se siente ligeramente dura.

2. Corte y Secado de las Panojas

El corte de la panoja debe realizarse a la altura media del tallo de la planta, preferentemente con un machete corto, o una hoz. En plantaciones cercanas al volcán Popocatépetl en el estado de Puebla suele usarcé un machete con punta curva conocido como gavilán. El corte debe ser de un solo golpe para evitar sacudir lo menos posible las panojas y evitar la pérdida de grano por caída.

Una vez cortadas las panojas, estas deben colocarse atravesadas sobre los lomos de los surcos mediante la práctica conocida como engavillado, la altura de este engavillado o tendido de las panojas no debe superar los 50 cm. Un periodo de entre 8 y 10 días de exposición al sol es suficiente para alcanzar el secado de las panojas.

Al momento del corte es recomendable evitar en lo posible el contacto de las panojas con el suelo, para ello es recomendable utilizar lonas.

El trillado consiste básicamente en desprender los granos de las panojas, cuando esta actividad se realiza de manera manual, es necesario colocar las panojas previamente secas sobre una lona o un piso de concreto, posteriormente debe ser golpeada con varas o garrotes, pisoteada por animales o incluso aplastadas con las ruedas de un vehículo o del tractor. Posteriormente, el material resultante de este proceso, es pasado o cernido a través de una criba provista de una malla del número 14 (14 hilos por pulgada cuadrada), que permita separar la paja gruesa del grano y la pajilla fina que recubre el grano (opérculo y urna del pixidio unilocular), la cual, después debe ser soplada o venteada ya sea con las corrientes de aire natural o con el apoyo de un ventilador.

Para facilitar esta actividad y como parte de las tecnologías apropiadas para pequeñas y medianas plantaciones también se han diseñado algunas trilladoras estacionarias impulsadas por motores a gasolina o por la toma de fuerza de un tractor, las cuales requieren que el corte, secado y suministro de las panojas a la maquinaria se realicen de manera manual.

Para  el uso de cosechadoras combinadas, es necesario realizar los siguientes ajustes para un buen desempeño, ellos son: la criba superior debe tener la misma apertura como cuando se cosecha trigo y la inferior, con una apertura de un décimo de pulgada, como para cosechar semillas de alfalfa; la velocidad del abanico debe ser de 540 RPM, la velocidad del cilindro debe ser de 800 a 900 RPM y el espacio entre el cilindro y los cóncavos debe estar casi completamente abierto (Estrada y Sahagún 2001).