La forma tradicional de trillar el amaranto es con una vara o un palo. Ya que las panojas o espigas están secas; se aporrea o golpea hasta liberar el grano de estas. Lo anterior se hace en lonas y es mejor que estén secas pues de esta manera se liberan fácilmente todos los granos.
Una vez que se termina de trillar, con un rastrillo o un bieldo; se separan los residuos grandes y luego con una zaranda se separan los residuos de menor tamaño. Con una criba con malla del tipo mosquitera, se separa el grano y polvo de paja.
La limpieza del grano se va dando incluso al cribar; pues se va eliminando mucho polvo de paja o tamo fino. Ya para terminar, con una jícara venteamos el grano y el polvo, nos quedará grano limpio.